D.Y.M.M Tuanku Ja'afar mangkat pada pukul 11:45 pagi hari Sabtu, 27 Disember 2008 di Hospital Tuanku Ja'afar, Seremban pada usia 86 tahun kerana serangan angin ahmar. Dilaporkan bahawa baginda mengadu kurang sihat dan sakit kepala pada pukul 8:10 pagi. Pihak hospital tersebut telah dihubungi dan dua Pakar Perunding Kanan HTJ, Datuk Dr. Tarmizi Thayaparan dan Datuk Dr. K. Sree Raman telah bergegas ke Istana Hinggap di Seremban untuk memberikan rawatan kepada Tuanku. Jenazah baginda telah dibawa ke Istana Besar Seri Menanti untuk majlis penghormatan terakhir dan dimakamkan di Makam Diraja Seri Menanti pada 29 Disember 2008.[1]

Tempoh Perkabungan berikutan kemangkatan baginda juga dilaksanakan selama 40 hari, bermula hari kemangkatan baginda.[1]

Semua premis termasuk pejabat kerajaan dan bangunan mengibarkan bendera negeri separuh tiang dalam tempoh tersebut. Dalam tempoh berkabung itu juga, semua kakitangan kerajaan dikehendaki memakai songkok berlilit putih manakala wanita memakai lilitan putih di lengan. Semua majlis rasmi kerajaan dan aktiviti keraian juga ditangguhkan selama tujuh hari.[1]